정부가 다주택자 양도소득세 중과 유예 종료 시점을 예정대로 유지하면서도, 토지거래허가 절차로 인한 시장 혼선을 줄이기 위해 ‘허가 신청분’까지 중과 배제 대상에 포함하는 보완책을 내놨다.

9일 기획재정부와 국토교통부에 따르면 다주택자가 보유한 조정대상지역 주택에 대한 양도세 중과 유예는 기존 계획대로 2026년 5월 9일 종료된다. 다만 최근 토지거래허가 신청이 급증하고 지역별 처리 속도 차이가 확대되면서 매도 시점 예측이 어려워지자 제도 보완이 불가피하다는 판단이다.

토지거래허가 심사에는 통상 15영업일이 소요된다. 이에 따라 4월 중순 이후 매수자를 확보하더라도 5월 초까지 허가 여부가 불확실해 거래가 지연되는 사례가 늘고 있다. 시장에서는 행정 절차로 인해 매도 기회를 놓칠 수 있다는 우려가 제기돼 왔다.

정부는 이에 따라 매매계약 체결뿐 아니라 토지거래허가 ‘신청’ 단계까지 양도세 중과 배제 범위를 확대하기로 했다. 2026년 5월 9일까지 시·군·구청에 허가를 신청한 경우, 이후 허가를 받아 계약을 체결하면 일정 기간 내 양도 시 중과세가 적용되지 않는다.

적용 기준도 구체화됐다. 기존 조정대상지역인 서울 강남·서초·송파·용산 소재 주택은 계약일로부터 4개월 이내, 즉 2026년 9월 9일까지 양도해야 한다. 2025년 10월 16일 새로 지정된 조정대상지역 주택은 계약일 기준 6개월 이내, 즉 2026년 11월 9일까지 처분해야 중과를 피할 수 있다.

실수요자 부담을 낮추기 위한 조치도 병행된다. 토지거래허가구역 내 임대 중인 주택을 무주택자가 매수하는 경우, 2026년 5월 9일까지 허가를 신청하면 실거주 의무와 주택담보대출에 따른 전입 의무가 일정 기간 유예된다. 실거주 의무는 2026년 2월 12일 기준 체결된 임대차 계약 종료 시점까지, 최장 2028년 2월 12일까지 연기된다. 대출 관련 전입 의무 역시 대출 실행일 기준 6개월 또는 임대차 계약 종료 후 1개월 중 늦은 시점까지 미뤄진다.

정부는 이번 보완책이 세제 종료에 따른 시장 충격을 완화하고 매도 기회를 최대한 보장하는 데 목적이 있다고 설명했다. 정부 관계자는 “행정 절차로 인해 납세자가 불이익을 받는 사례를 최소화하기 위한 조치”라고 밝혔다.

한편 정부는 소득세법 시행령과 부동산거래신고법 시행령 개정안을 4월 10일부터 17일까지 입법예고하고, 국무회의 심의를 거쳐 이달 내 공포·시행할 계획이다.

이번 조치는 ‘유예 종료’라는 정책 일관성을 유지하면서도 현장 불확실성을 줄이기 위한 절충안으로 평가된다. 다만 매도 시점과 가격 조정 여부에 따라 실제 거래 활성화 효과는 제한적일 수 있다는 분석도 나온다.

문의 : 위드제이 010-2643-9400